根据 1995 年《特殊经济区法》（第7916号共和国法案），菲律宾建设了一系列单独关税区——特殊经济区（Special Economic Zone，SEZ），以改善投资环境、提供优惠政策，从而吸引外国投资并创造就业机会。菲律宾经济区管理局（PEZA）为经济特区监管机构。

不同经济特区提供不同的税收优惠政策：

1、进口固定设备、原材料、零部件、良种牲畜和基因材料等免除关税；

2、先锋项目 6 年免所得税，非先锋项目 4 年免所得税；

3、免所得税后的收入，仅需按 5% 的税率纳税，以此替代其他各项国家和地方税收；

4、扣除进口替代品课税；

5、免除码头费用、出口税和进口费；

6、减免国内固定设备、良种牲畜和基因材料的课税；

7、可征税收入中额外减去人工费用；

8、托运设备的非限制使用；

9、免除地方营业税；

10、如果已交纳 5% 综合所得税，外企在菲律宾分支机构免纳利润汇回税。