为了创造一个更为简化、公平和效率的税收体系，2017年1月新一届菲律宾政府提交了对于《国家税务法典（1997）》的修正案（众议院第5636号法案），即《加速成长与扩大包容税收改革》（Tax Reform for Acceleration and Inclusion）法案，意图通过降低税率，拓宽税基的方式，促进投资、增加就业，消除贫困。2017年12月19日，菲律宾总统杜特尔特签署通过了该法案。作为菲律宾综合税制改革的第一部法案，该法案纠正了原有税制的不足之处，旨在降低个人所得税税负，提高燃料、汽车、烟草和含糖饮料的消费税税率，建立更加简单、公平、高效的税收制度。

该法案对于《国家税务法典（1997）》作出了以下几个方面的修改：

（1）降低个人所得税负担，规定收入低于25万比索的个人免税，并公布了新的个人所得税纳税额累进方法，对原有税制进行简化；

（2）增值税登记门槛从190万比索增加至300万比索，并规定营业额不超过300万比索的个体经营或专业人士可选择就其收入超过25万比索的部分使用8%的增值税替代个人所得税与比例税；

（3）提高石油产品、矿产品、烟草等产品的消费税税率，重构汽车产品的消费税，新增了对甜饮料及整容手术的消费税；

（4）提高印花税税率；

（5）固定遗产税与赠与税税率，简化税制；

（6）新增电子销售记录的报告制度与石油产品强制标记制度等。该项改革法案带来的税收将用于菲律宾的基础设施建设、教育、医疗及政府公共支出，以支持菲律宾经济高速增长。

2018年9月10日，菲律宾众议院批准通过了综合税制改革的第二部法案（众议院第8083号法案），即《旨在吸引更好更优质的投资机会税收改革》 （Tax Reform for Attracting Better and High-Quality Opportunities Bill, Trabaho Bill）的法案，旨在通过降低企业所得税税率和调整税收优惠措施，创造更为公平、更具竞争力的税制环境，以吸引投资。该法案主要包含以下几类内容：

（1）从2021年开始，企业所得税的税率从现行的30%每两年降低2%，目标在2029年降至20%。

（2）逐步拓宽税基，具体包括：

a. 对于总收入（gross income taxation）课税，不再适用15%的税率；

b. 在针对教育机构、医院适用10%的优惠税率、以及对于资本性支出适用税收完全扣除之前，首先应当由高等教育委员会、教育部以及卫生部评估其长期的表现，进而决定是否适用；c. 在该法案通过的两年后，地区性的运营总部（regional operating headquarters）所享受的10%的优惠税率将不再适用；

d. 40%的可选标准扣除将统一适用于自然人或企业纳税人，对其总收入的40%部分适用，并仅限于由贸易和工业部所认定的中小企业和微型企业。

（3）提高税收优惠措施的合理化程度，具体包括：

a. 引入一系列新标准，以便认定战略优先投资计划中可适用特殊税收优惠措施的项目；

b. 纳税人可享受的所得税免税期间不得超过3年，且在免税期结束后，其他的税收优惠享受期间不得超过5年；

c. 位于自由港、经济区已注册的出口企业，以及使用出口销售额90%以上的海关保税制造仓库的出口企业，其出口销售额或者用于产品制造、加工的基本设备、原材料的进口和国内采购，可以免征增值税。